La llegada al primer equipo del joven canterano Raúl González, insignia y capitán del club durante los años venideros, invertiría los éxitos llevando al equipo a dominar nuevamente Europa. Mientras disfrutaba de una temporada relativamente exitosa, no se podía decir lo mismo de sus compañeros del primer equipo. En cuanto a la camiseta que hoy verá la luz de forma oficial, respetará la dirección de la franja de los años 70 pese a que Nike eligió que fuera en diagonal de izquierda a derecha en equipaciones suplentes de Manchester City y Roma, equipacion barcelona 2024 entre otros.
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Las dos temporadas de Héctor Cúper en el club valenciano se saldaron con dos subcampeonatos conseguidos de manera consecutiva en 2000 y 2001 en la Liga de Campeones que nuevamente devolvían al club al panorama internacional. En la fase previa de la Liga de Campeones 2005-06, el Villarreal elimina al Everton FC inglés y accede a la fase de grupos de la máxima competición europea de clubes por primera vez en su historia.