Jonathan comenzó en el Infantil B, y fue subiendo por las categorías inferiores del club azulgrana: Infantil A, el Cadete B y el Cadete A y Juvenil B. La temporada 2008-09 la disputó en el Juvenil A, donde fue capitán del equipo. De su filial, el Atlético de Madrid ‘B’, y de sus juveniles han salido numerosos futbolistas que han triunfado tanto vistiendo la elástica rojiblanca, como en equipos de primer nivel del panorama nacional e internacional.
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